OZ Vagus vzniklo v roku 2011, založili ho sociálni pracovníci, ktorí dlhodobo pracovali s ľuďmi bez domova. Hlavným cieľom vzniku združenia bolo vytváranie nových a inovatívnych služieb pre ľudí bez domova. Prvou takouto službou bol plánovaný vznik a otvorenie denného centra pre ľudí bez domova v Bratislave, ktoré v tej dobe v Bratislave neexistovalo.
Členovia OZ Vagus popri rozvíjaní samotného združenia pracovali v programe Streetwork – terénna sociálna práca s ľuďmi bez domova, ktorý bol v tej dobe realizovaný OZ Proti Prúdu. Koncom roka 2011 oznámilo OZ Proti Prúdu ukončenie programu Streetwork z finančných dôvodov. OZ Vagus sa aj s celým pôvodným tímom programu Streetwork rozhodlo zachrániť dôležitý program, ktorý je jedinečný v rámci celého Slovenska. Počas pár mesiacov získali noví členovia tímu nové priestory, služobné vozidlo, technické vybavenie a program Streetwork do dnešného dňa pokračuje pod vedením OZ Vagus.
Počas roku 2012 OZ Vagus stabilizovalo program Streetwork a jeho predstavitelia sa mohli plnohodnotne začať venovať príprave programu, pre ktorý združenie vzniklo – programu DOMEC – denné nízkoprahové centrum pre ľudí bez domova. Program DOMEC bol spustený koncom roka 2013.
V roku 2014 sa podarilo spustiť jedinečný program – kaviareň DOBRE&DOBRÉ, ktorú ste do decembra 2017 mohli nájsť v budove Starej tržnice na Nám. SNP v Bratislave. Kaviareň okrem kvalitných služieb a sortimentu poskytovala pracovné miesta ľuďom na ceste z ulice.
Dnes sa Vagus venuje neustálemu skvalitňovaniu svojich programov, pôsobeniu vo viacerých pracovných skupinách so zameraním na legislatívne a systémové zmeny, práci s verejnou mienkou a aktivitám pre verejnosť ako napríklad Noc Vonku.
Od roku 2011 až do súčasnosti OZ Vagus prešlo dlhou cestou, ktorá bola plná skúseností, zvládnutých výziev, inovatívnych programov, poučných neúspechov a sformovalo tak kvalitný tím, ktorý je hnacím motorom celého združenia.